货代企业代理运输并垫付运费后，如果不能从委托人处收回运费，这是货代企业的运费风险。垫付运费是当前货代企业承揽业务的主要手段之一，但是应有风险防范意识。
首先是委托人的资信问题，凡是被垫付运费所吸引的托运人，大部分都存在资金紧张的问题，如果一旦托运人的经济状况恶化，货代企业垫付的费用可能无法追回。还有，个别托运人往往在前几票业务中积极付费，表现出具有良好信誉的假象，在获取货代企业的信任后，在随后的某一大票业务中由货代企业垫付巨额费用后，人去楼空。
其次是垫付运费的事实证明。一旦涉及诉讼，货代企业必须证明其已向实际承运人支付了运费，法院才会判令托运人向货代企业支付已垫付的运费。因为收取运费是承运人才具有的权利，货代企业是代理人而不是承运人，无权收取运费，只有在证明已垫付运费的情况下才有权收取。但实践中货代企业往往举不出已垫付的证据，仅凭与托运人无确切运费数额的合同及运输事实进行主张，显然证据不足。
再次是垫付运费的权限问题。作为代理人，在被代理人没有对垫付运费做出明确授权时，自行代其垫付运费的行为很有可能被确认为是超越代理权限的行为。
如果货代企业未经授权擅自支付运杂费且货主不予追认时，法官很有可能不会直接判决货主应予偿付。应有证据证明货代企业已取得托运人的授权。需取得请实际承运人出具转让海运费追索权的函件，以构成权利转让，才能获得胜诉的判决。
